Det er Lægemiddelstyrelsen, der har ansvaret for struktursagerne.

En struktursag indledes ved, at Lægemiddelstyrelsen udarbejder en redegørelse, kaldet "strukturbrevet" om lægemiddelforsyningen i det berørte område. Farmakonomforeningen, Pharmadanmark og Danmarks Apotekerforening får strukturbrevet i høring. De økonomiske dele af strukturbrevet er fortroligt.

Farmakonomforeningen hører regionsformanden og de berørte medlemmer  i regionen inden sagen forelægges Formandskabet i Farmakonomforeningen. På baggrund af de indkommende svar behandler Formandskabet sagen og fastlægger foreningens holdning. Herefter udarbejder sekretariatet et høringssvar og sender dette til Lægemiddelstyrelsen.

Lægemiddelstyrelsen kommer dernæst med en indstilling til Indenrigs- og Sundhedsministeriet på baggrund af de indkomne høringssvar fra foreningerne. Indenrigs- og Sundhdsministeriet træffer derefter endelig afgørelse om den fremtidige struktur i det pågældende område.

Hvis afgørelsen er, at et apotek skal nedlægges, afholder Farmakonomforeningen et medlemsmøde på apoteket.

Hvis apoteket skal omdannes til en supplerende enhed eller en filial, skriver Farmakonomforeningen et særligt informationsbrev til medlemmerne på apoteket og vedlægger en folder om "Ny apoteker", ligesom der i særlige tilfælde kan afholdes et medlemsmøde på apoteket.